이서원은 지난 2018년 4월 술자리에 함께 있던 여배우 A씨에게 강제로 신체 접촉을 시도했다. A씨가 이를 거부하고 남자친구에게 도움을 요청하자 이서원은 피해자를 흉기로 협박했다.
같은 해 5월 이서원은 성추행 및 협박 혐의로 기소됐다. 7월 진행된 첫 번째 공판에서 이서원은 피해자에 대한 협박 혐의를 인정하면서도 당시 만취해 심신 미약 상태였음을 주장했다.
이서원은 서울동부지방법원에서 재판을 받던 중 입대를 해 사건은 군사법원으로 이관됐다. 이와 관련해 당시 소속사였던 블러썸엔터테인먼트 측은 “4차 공판 기일은 11월 22일로 예정된 상황으로 재판을 마친 이후 입대하기 위해 병무청관계자와 구두면담 및 병무청에 정식 서면질의를 했다. 그러나 현행 법령상 재판출석은 병역 연기사유에 해당하지 않는다는 최종통보를 받았고 이에 11월 20일 입영하게 됐다”고 밝힌 바 있다.
이후 군사법원으로 이관된 이서원은 1심에서 징역 1년에 집행유예 2년을 선고받은 것으로 알려졌다. 훈훈한 외모로 여성 팬들의 마음을 설레게 하며 평소 바른 생활 이미지를 보여줬던 그가 동료 여자 연예인을 성추행하고, 이를 감추기 위해 흉기로 위협했다는 사실이 알려졌을 땐 다들 믿을 수 없다는 반응이었다. 배우 차태현, 송중기, 박보검 등이 속한 대형급 소속사의 기대주로서, 앞으로 안방극장과 충무로를 이끌 차세대 스타로 주목받아 왔기에 그의 죄는 배우 인생에도 지울 수 없는 오점을 남겼다.
이서원은 당시 기존 소속사 블러썸엔터테인먼트에서 나와 현재 소속사가 없는 상태로 연예계 복귀는 고려하지 않고 있는 것으로 알려졌다.