지방 중소기업 청년 소득세, 최장 10년 감면…기업 R&D 세액공제 1.5배

지방의 중소기업에 취업한 청년 근로소득세 감면 기간이 현재 5년에서 최장 10년으로 늘어난다. 지방의 기업 R&D(연구개발)과 시설투자에 대한 세액공제도 수도권보다 최대 1.5배 확대된다.

재정경제부는 3일 세제발전심의위원회를 열고 이런 내용을 담은 '2026년 세제개편안'을 발표했다. 기업과 근로자에게 돌아가는 혜택을 수도권과의 거리에 따라 4단계로 차등 적용하는 게 핵심이다.


중소기업 취업자 근로소득세 감면 제도는 사업장 소재지에 따라 감면 기간과 비율을 나눈다. 현재 청년(15~34세)은 수도권과 비수도권 구분 없이 5년간 근로소득세의 90%를 연 200만원 한도에서 감면받는다. 앞으로는 수도권만 현행 5년을 유지하고 비수도권 광역시 등은 6년, 기타 비수도권은 7년, 인구감소지역 등 우대지역은 최장 10년으로 감면 기간이 늘어난다.

60세 이상 고령자와 장애인, 경력단절여성 등 취약계층 감면율도 상향된다. 현재는 3년간 70%를 감면받는데 수도권은 현행 수준을 유지하되 비수도권 광역시 등은 75%, 기타 비수도권은 80%, 우대지역은 90%까지 확대된다. 적용기한도 3년 연장된다.

기업의 R&D 비용 세액공제와 통합투자세액공제에는 지역별 계수가 새로 도입된다. 기본 공제율에 수도권 1.0배, 비수도권 광역시 등 1.1배, 기타 비수도권 1.3배, 우대지역 1.5배의 계수를 각각 곱해 지방일수록 세액공제액이 커지는 구조다.



재경부 관계자는 "공제율과 계수를 곱해서 세제지원을 하면 결국은 지방이 우대된다"며 "인구감소지역이나 낙후지역은 50% 정도를 더 해주겠다는 의미"라고 설명했다. 수도권 안에서도 접경지역 등 인구감소지역은 1.1배를 적용받는 등 세부 지역 구분은 내년 2월 시행령 개정을 거쳐 확정된다.

기업이 수도권에서 비수도권으로 이전하거나 사업장을 신·증설하면서 근로자에게 지급하는 이주수당에 대한 근로소득세 비과세 혜택도 신설됐다. 비과세 한도는 월 20만원이며 우대지역으로 옮길 경우 월 50만원까지 3년간 적용된다.

개인이 지방정부에 기부하는 고향사랑기부금 세액공제율도 상향된다. 10만~20만원 구간 공제율은 기타 비수도권 기부 시 현행 40%에서 50%로 오른다. 20만원 초과 2000만원 이하 구간은 우대지역 기부에 한해 15%에서 25%로 확대된다.

창업중소기업 세액감면 제도는 기존 수도권·비수도권 2단계 구분을 비수도권 광역시 등, 기타 비수도권, 우대지역 3단계로 세분화해 감면율을 지방일수록 높게 조정한다. 벤처·에너지신기술·초격차·청년 등 유망 창업중소기업의 감면율은 우대지역에서 최대 80%까지 적용되고 정부가 선정하는 점프업 중소기업도 지원 대상에 포함된다.

전남광주통합특별시 투자진흥지구와 문화산업진흥지구에서 창업하는 기업에는 소득세와 법인세를 5년간 100%, 이후 2년간 50% 감면하는 특례가 신설된다. 수도권 사업용 부동산을 양도하고 기회발전특구 내 부동산을 대체 취득할 때 양도차익 과세를 미루는 특례는 2029년 말까지 3년 연장된다.

정부는 지방 이전 특례가 단순한 세금 감면 수단으로 남용되지 않도록 사후관리 장치도 강화한다. 세제지원을 받은 기업이 감면 기간 중 이전 지역에 투자·R&D·고용상생출연금으로 환류한 금액이 감면세액의 30%에 못 미치면 차액을 추징한다. 서류상으로만 지방으로 옮기는 위장 이전이나 지역 내 고용 감소가 확인되면 감면액을 환수하고 향후 특례 적용 대상에서도 배제한다.